Bifidobacterium var efektīvi kavēt parasto sabojāšanos un zemu - temperatūras baktērijas. Tās antibakteriālais efekts galvenokārt notiek ar uztura un adhēzijas vietu konkurenci, antibakteriālo vielu ražošanu un ķermeņa imunitātes stiprināšanu. Tas ietekmē zarnu patogēno baktēriju saķeršanu un reprodukciju. Pret antagonismu un slimības patoģenēzes bloķēšanu. Bifidobaktēriju ražotās antibakteriālās vielas galvenokārt ir organiskās skābes, bakteriocīni, bakteriocīni un citas antibakteriālas vielas.
Gaistoši īsi - ķēdes taukskābes, piemēram, pienskābe un etiķskābe, kas ir bifidobaktēriju metabolīti, palielina ūdeņraža jonu koncentrāciju vidē, kas ir augstāka par ūdeņraža jonu koncentrāciju patogēno baktēriju šūnās. Ūdeņraža joni iekļūst patogēno baktēriju šūnās, lai padarītu tos paskābinātas citoplazmas, ietekmē tā augšanu un pat inaktivizē patogēnās baktērijas, lai sasniegtu antibakteriālo iedarbību.
Pētījumi liecina, ka bifidobaktēriju fermentācijas buljonam ir acīmredzama antibakteriāla iedarbība in vitro, un zems pH ir svarīgs nosacījums tā antibakteriālajai iedarbībai. Turklāt dažas bifidobaktērijas var metabolizēt, lai iegūtu olbaltumvielu, ko sintezē ribosomas ar antibakteriālu iedarbību, ko sauc par baktēriju toksīniem, kas var kavēt citu patogēnu baktēriju augšanu.